Criada em 1997, a FAPES procurou, desde o início das suas atividades, estabelecer e ampliar parcerias com entidades governamentais e organizações privadas para a prestação de serviços de consultoria, assessoramento, administração de convênios, execução de contratos, realização de concursos públicos, processos seletivos, jornadas pedagógicas e cursos de formação de professores em diversos municípios.

É importante destacar o apoio recebido de alguns órgãos federais, estaduais e municipais, sem os quais não seria possível alcançar os objetivos da FAPES no sentido de melhor servir à sociedade baiana.